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angle-left Unidad de Biología y Variabilidad del VIH
Centro Nacional de Microbiología (Instituto de Salud Carlos III, Madrid)

Descripción

La Unidad de Biología y Variabilidad del VIH (UBVVIH) está centrada en la investigación sobre la diversidad genética del VIH-1 y su significación para la biología viral. Colabora con múltiples grupos de investigación y centros clínicos españoles e internacionales. Ha sido miembro de los consorcios internacionales de investigación European Vaccine and Microbicides Enterprise (EUROPRISE), European Poverty Related Disease (EURIPRED) y Collaboration for AIDS Vaccine Discovery/Comprehensive Antibody-Viral Immune Monitoring Consortium (CAVD/CA-VIMC) y Centro Colaborador de la OMS para Investigación, Referencia y Formación en Caracterización Molecular del VIH y actualmente es miembro de la Red de Investigación en SIDA (RIS).

Sus principales líneas de investigación son:

  • Filogenia y epidemiología molecular del VIH-1. Sus objetivos son la caracterización genética de las variantes del VIH-1 que circulan en diversas áreas geográficas y el estudio de su correlación con variables epidemiológicas. Incluye el análisis de genomas virales completos, de los que se han obtenido cerca de 500, centrándose especialmente en virus recombinantes. En esta línea de investigación, la UBVVIH ha realizado estudios de epidemiología molecular en diferentes países (España, Argentina, Brasil, Chile, Venezuela, Panamá, Rusia, Túnez y Ghana) y ha identificado 12 nuevas formas recombinantes circulantes (CRFs) del VIH-1 y diversas variantes de subtipos y clusters de transmisión.
  • Filodinámica y filogeografía del VIH-1. Esta línea de investigación está relacionada con la filogenia del VIH-1, incorporando datos temporales y geográficos, que, junto con las secuencias virales, permiten obtener inferencias sobre el origen, ritmo de crecimiento y vías de difusión de variantes del VIH-1. En esta línea de investigación, la UBVVIH ha estudiado un cluster de subtipo F de gran tamaño que se ha expandido recientemente en España, la variante de subtipo G que circula en Portugal y España y la variante de subtipo A que domina la epidemia del VIH-1 en la antigua Unión Soviética.
  • Resistencia a fármacos antirretrovirales en VIH-1. Esta línea de investigación está centrada en el estudio de la prevalencia de cepas de VIH-1 resistentes a fármacos antirretrovirales (ARV), que tiene importantes implicaciones en salud pública. En esta línea de investigación, la UBVVIH ha estudiado la prevalencia de virus resistentes a fármacos ARV en diversos países y ha descrito la propagación de cepas resistentes a fármacos ARV en clusters de transmisión de subtipos B y no B en España.
  • Producción y caracterización de aislados primarios de diversas formas genéticas del VIH-1. Los aislados, obtenidos de muestras clínicas de individuos infectados por VIH-1 mediante cultivo en células mononucleadas de sangre periférica, son filogenéticamente caracterizados en genomas completos y biológicamente caracterizados para el uso de correctores. La UBVVIH ha obtenido y caracterizado más de un centenar de aislados de VIH-1 de 5 subtipos, 8 CRFs y múltiples formas recombinantes únicas. Estos aislados han sido depositadas en el National Institute for Biological Standard and control (NIBSC) en Londres y en el Biobanco de la RIS en Madrid para su uso en investigación sobre la biología del VIH-1 y sobre el desarrollo de vacunas y tests diagnósticos para el VIH-1 y algunos de ellos se han incluido en el panel del External Quality Assurance Program Oversight Laboratory (EQAPOL).
  • Producción y caracterización de clones funcionales del VIH-1. Estos clones se obtienen mediante amplificación por RT-PCR de RNA extraído de plasma de individuos infectados por VIH-1, evaluándose su función mediante la producción de pseudovirus generados por cotransfección con plásmidos defectivos en env e infección de células indicadoras que expresan el receptor y los correceptores del VIH-1. La UBVVIH ha desarrollado un método eficiente para la producción de clones funcionales de la envuelta de diferentes subtipos y formas recombinantes, que se ha utilizado para la producción de cerca de un centenar de clones funcionales de la envuelta de 5 subtipos y 4 CRFs, los cuales han sido depositados en el NIBSC y en el Virus Registry del Laboratory for AIDS Vaccine Research and Development, Duke University Medical Center. Alguno clones de envuelta producidos por la UBVVIH han sido utilizados por múltiples grupos de investigación en estudios publicados en más de 30 artículos científicos.
  • Utilización de correceptores por cepas de VIH-1. Las cepas de VIH-1 utilizan dos correcptores principales, CCR5 y CXCR4, cuyo uso afecta a la patogenia y es importante para la terapia con antagonistas del CCR5. La UBVVIH ha determinado el uso de correceptores mediante métodos genotípcos y fenotípicos de múltiples cepas de aislados y clones de envuelta del VIH-1 producidos en el laboratorio. Entre los logros en esta línea de investigación están la descripción del uso frecuente de CXCR4 por virus de la CRF14_BG, el más alto descrito para cualquier forma genética del VIH-1, la baja frecuencia de uso de CCR5 por virus del subtipo G y el desarrollo de un método genotípico bayesiano para la predicción de uso de correceptores utilizando secuencias completas de la envuelta.
  • Utilización de sitios de splicing por RNAs del VIH-1. El splicing de RNAs es esencial para la replicación del VIH-1, y, por lo tanto, es una potencial diana terapéutica frente al VIH-1. El VIH-1 utiliza un complejo mecanismo de splicing para generar sus RNAs, de los que se han descrito cerca de 100. En esta línea de investigación, la UBVVIH, mediante análisis de RNAs de VIH-1 expresados in vivo, ha identificado 27 nuevos sitios de splicing utilizados por cepas de VIH-1 de diversos subtipos y ha descrito una nueva clase de RNAs del VIH-1 que utilizan sitios de splicing cerca del extremo 3’ del genoma viral, en la secuencia codificante de Nef, cuya función es aún desconocida.

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Miembros

Miguel Thomson
Sonia Benito
María Teresa Cuevas
Elena Delgado
Yolanda Vega

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Publicaciones

  • Sequence Analysis of In Vivo-Expressed HIV-1 Spliced RNAs Reveals the Usage of New and Unusual Splice Sites by Viruses of Different Subtypes. 
    Vega Y, Delgado E, de la Barrera J, Carrera C, Zaballos Á, Cuesta I, Mariño A, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, Álvarez H, López-Miragaya I, García-Bodas E, Díez-Fuertes F, Thomson MM.  PLoS One (2016); 11:e0158525. 
  • Phylogeny and Phylogeography of a Recent HIV-1 Subtype F Outbreak among Men Who Have Sex with Men in Spain Deriving from a Cluster with a Wide Geographic Circulation in Western Europe 
    Delgado E, Cuevas MT, Domínguez F, Vega Y, Cabello M, Fernández-García A, Pérez-Losada M, Castro MÁ, Montero V, Sánchez M, Mariño A, Álvarez H, Ordóñez P, Ocampo A, Miralles C, Pérez-Castro S, López-Álvarez MJ, Rodríguez R, Trigo M, Diz-Arén J, Hinojosa C, Bachiller P, Hernáez-Crespo S, Cisterna R, Garduño E, Pérez-Álvarez L, Thomson MM.  . PLoS One (2015); 10:e0143325. 
  • Predominance of CXCR4 tropism in HIV-1 CRF14_BG strains from newly diagnosed infections. 
    Pérez-Álvarez L, Delgado E, Vega Y, Montero V, Cuevas T, Fernández-García A, García-Riart B, Pérez-Castro S, Rodríguez-Real R, López-Álvarez MJ, Fernández-Rodríguez R, Lezaun MJ, Ordóñez P, Ramos C, Bereciartua E, Calleja S, Sánchez-García AM, Thomson MM.  J Antimicrob Chemother (2014); 69:246-253. 
  • Construction and phenotypic characterization of HIV type 1 functional envelope clones of subtypes G and F. 
    Revilla A, Delgado E, Christian EC, Dalrymple J, Vega Y, Carrera C, González-Galeano M, Ocampo A, de Castro RO, Lezaún MJ, Rodríguez R, Mariño A, Ordóñez P, Cilla G, Cisterna R, Santamaría JM, Prieto S, Rakhmanova A, Vinogradova A, Ríos M, Pérez-Álvarez L, Nájera R, Montefiori DC, Seaman MS, Thomson MM.  AIDS Res Hum Retroviruses (2011); 27:889-901. 
  • Molecular epidemiology of HIV-1 in St Petersburg, Russia: predominance of subtype A, former Soviet Union variant, and identification of intrasubtype subclusters. 
    Thomson MM, Vinogradova A, Delgado E, Rakhmanova A, Yakovlev A, Cuevas MT, Muñoz M, Pinilla M, Vega Y, Pérez-Alvarez L, Osmanov S, Nájera R.  J Acquir Immune Defic Syndr (2009); 51:332-339. 
  • High prevalence of unique recombinant forms of HIV-1 in Ghana: molecular epidemiology from an antiretroviral resistance study. 
    Delgado E, Ampofo WK, Sierra M, Torpey K, Pérez-Alvarez L, Bonney EY, Mukadi YD, Lartey M, Nyarko C, Amenyah RN, Thomson M, Nájera R.  J Acquir Immune Defic Syndr (2008); 48:599-606. 
  • High HIV-1 genetic diversity in Cuba. 
    Cuevas MT, Ruibal I, Villahermosa ML, Díaz H, Delgado E, Parga EV, Pérez-Alvarez L, de Armas MB, Cuevas L, Medrano L, Noa E, Osmanov S, Nájera R, Thomson MM.  AIDS (2002);16:1643-53. 
  • Molecular epidemiology of HIV-1 genetic forms and its significance for vaccine development and therapy. 
    Thomson MM, Pérez-Alvarez L, Nájera R.  Lancet Infect Dis (2002):461-471. 
  • Diversity of mosaic structures and common ancestry of human immunodeficiency virus type 1 BF intersubtype recombinant viruses from Argentina revealed by analysis of near full-length genome sequences. 
    Thomson MM, Delgado E, Herrero I, Villahermosa ML, Vázquez-de Parga E, Cuevas MT, Carmona R, Medrano L, Pérez-Alvarez L, Cuevas L, Nájera R.  J Gen Virol. (2002); 83(Pt 1):107-119. 
  • HIV-1 genetic diversity in Galicia Spain: BG intersubtype recombinant viruses circulating among injecting drug users. 
    Thomson MM, Delgado E, Manjón N, Ocampo A, Villahermosa ML, Mariño A, Herrero I, Cuevas MT, Vázquez-de Parga E, Pérez-Alvarez L, Medrano L, Taboada JA, Nájera R; Spanish Group for Antiretroviral Studies in Galicia.  AIDS (2001); 15:509-516. 

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